สำนักงานมหาวิทยาลัย (ชื่อเดิมสำนักงานอธิการบดี) เป็นหน่วยงานบริหารของวิทยาลัยครูสวนดุสิตที่จัดตั้งขึ้นตามพระราชบัญญัติวิทยาลัยครู พ.ศ. 2518 และต่อมาในปี พ.ศ. 2538 ต่อมาวันที่ 15 มิถุนายน 2547 สถาบันราชภัฏสวนดุสิตได้เปลี่ยนสถานภาพเป็นมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนดุสิต ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 และอาศัยอำนาจตามความในมาตรา 6 และมาตรา 11 วรรคหนึ่ง แห่งพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยราชภัฏ พ.ศ. 2547 รัฐมนตรีว่าการกระทรวงศึกษาธิการจึงออกกฎกระทรวง จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนดุสิต กระทรวงศึกษาธิการ พ.ศ. 2548 โดยประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 122 ตอนที่ 20ก หน้า 68 ลงวันที่ 8 มีนาคม 2548 คือ ให้จัดตั้งส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนดุสิต กระทรวงศึกษาธิการ ประกอบด้วย
(1) สำนักงานอธิการบดี
(2) คณะครุศาสตร์
(3) คณะมนุษยศาสตร์และสังคมศาสตร์
(4) คณะวิทยาการจัดการ
(5) คณะวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี
(6) สถาบันภาษา ศิลปะและวัฒนธรรม
(7) สถาบันวิจัยและพัฒนา
(8) สำนักวิทยบริการและเทคโนโลยีสารสนเทศ
(9) สำนักส่งเสริมวิชาการและงานทะเบียน
สำนักงานอธิการบดี จึงได้จัดตั้งขึ้นเป็นส่วนราชการในมหาวิทยาลัยราชภัฏสวนดุสิต มีหน้าที่รับผิดชอบในการสนับสนุนและกำกับดูแลการดำเนินงานระบบบริหารและงานบริการของมหาวิทยาลัย
เมื่อพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยสวนดุสิต พ.ศ.2558 มีผลใช้บังคับ ทำให้มหาวิทยาลัยราชภัฏสวนดุสิต ตามพระราชบัญญัติ พ.ศ.2547 เป็นมหาวิทยาลัยสวนดุสิต และสภามหาวิทยาลัยสวนดุสิต ในการประชุมครั้งที่ 1/2558 เมื่อวันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ.2558 ได้ออกประกาศมหาวิทยาลัยสวนดุสิตเรื่องการจัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัย พ.ศ.2558 ประกาศ ณ วันที่ 24 กรกฎาคม พ.ศ.2558 และประกาศในราชกิจจานุเบกษา เล่มที่ 132 ตอนพิเศษ 174 ง หน้า 10 – 11 (27 กรกฎาคม 2558) ให้จัดตั้งส่วนงานของมหาวิทยาลัยสวนดุสิต จำนวน 17 ส่วนงาน ซึ่งสำนักงานมหาวิทยาลัย (สำนักงานอธิการบดี เดิม) เป็นส่วนงานใน 17 ส่วนงานดังกล่าว มีภาระหน้าที่ในการบริหารจัดการงานของมหาวิทยาลัยในการสนับสนุน ส่งเสริม ปรับปรุง และพัฒนากิจการของมหาวิทยาลัย ร่วมทั้งการดำเนินการตามวัตถุประสงค์ของมหาวิทยาลัย
สำนักงานมหาวิทยาลัยมีหน่วยงานภายใน ประกอบด้วย
1. สำนักงานเลขานุการสภามหาวิทยาลัย
2. กองกลาง
3. กองกฎหมาย
4. กองคลัง
5. กองนโยบายและแผน
6. กองบริหารงานบุคคล
7. กองพัฒนานักศึกษา
8. กองอาคารและสถานที่
9. กองวิเทศสัมพันธ์
10. กองประชาสัมพันธ์